湖州市港航管理局是在省港航局业务指导和市交通局领导下，代表政府交通主管部门行使行政执法和水上交通行业管理的全民事业单位。主要职能是：贯彻执行国家有关水路运输管理，内河交通安全管理，港口、航道管理，船舶检验，航政规费征收等方面的法律、法规，维护水运市场秩序，促进湖州水运业持续、快速、健康发展。

　　本单位由湖州市港航管理局、湖州市地方海事局、湖州市航道管理局等管理体系组成，下辖湖州、长兴、安吉、德清四个港航管理处和生产型事业单位湖州市交通工程处，有19个基层管理所(站)，实行局、处、所三级管理。现有在职职工590余人，其中各类专业技术人员287人，占48%，中、高级103人，党员206人。

　　近年来，在上级的正确领导下，湖州市港航管理局认真贯彻执行党和国家的方针政策、管理法规，坚持“依法治航、科技兴航”的工作方针，努力把握经济发展规律，积极创新管理模式，加大科技投入，不断提高科学化管理水平。深化内部改革，加强队伍自身建设，内强素质，外树形象，文明执法，依法行政，努力实践“三个代表”，有力地促进了湖州水运业和地方经济的快速发展，多次受到交通部、省委、省政府等上级机关的表彰。1996年，先后被市委市府、省交通厅授予“文明单位”、“文明管理单位”称号，2001年被省委、省政府命名为文明单位。